財政部南區國稅局表示，個人、醫療（事）機構、營利事業或機關團體受嚴重特殊傳染性肺炎疫情影響而依嚴重特殊傳染性肺炎防治及紓困振興特別條例（下稱紓困條例）、傳染病防治法第53條或其他法律規定，自政府領取之補貼、補助、津貼、獎勵及補償（下稱各項補助），免納所得稅。
該局進一步表示，營利事業受嚴重特殊傳染性肺炎影響，自政府領取之各項補助，按商業會計法及商業會計處理準則規定，應列帳營業外收益，為確實達到紓困目的，紓困條例第9條之1規定，該項補助免納所得稅。因此，營利事業受疫情影響所領取之各項補助，應列為取得年度之免稅收入，於辦理營利事業所得稅結算申報時，自行依法調整減除該筆免稅收入，又為避免影響紓困補助之發放目的及實質效益，其必要成本及相關費用得核實認列，無須依所得稅法第24條第1項規定個別歸屬或分攤於該免稅收入。醫療（事）機構如屬個人執行業務者，其依所得稅法第14條第1項第2類採核實計算執行業務收入及相關成本費用者，亦採相同方式，得核實認列相關成本費用。
該局舉例說明，甲公司109年6月全職員工有20人，109年7月至9月給付員工經常性薪資新臺幣（下同）225萬元，因受疫情影響，依紓困條例規定向經濟部申請並受領109年7月至9月薪資補貼90萬元及營運資金補貼20萬元，甲公司應列帳其他收入110萬元，嗣於辦理109年度營利事業所得稅結算申報時，自行依法調整減除該補助收入110萬元，至於公司受補助期間給付員工之薪資225萬元得核實認列費用，無須個別歸屬或分攤於該免稅收入。
該局特別提醒，為落實政策目的，營利事業及個人領取紓困條例各項補助免納所得稅之金額，不列為營利事業及個人基本所得額之加計項目，以達產業紓困及振興之效果。
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